内蒙古水利工程协会设立秘书处，为协会理事会的日常办事机构。秘书处下设综合部、会员管理部、资格管理部、信用管理部、教育培训部。
综合部
1.负责组织协会规章制度建设，协助协会领导协调日常工作，负责重要事项的催办；
2.协助党组织开展党建、思想政治和精神文明建设等工作；
3.负责协会工作会议管理，负责组织会员代表大会、常务理事会和理事会等会务工作；
4.负责协会文秘、档案、文件和邮件管理工作；
5.负责协会信息、对外宣传、联络、接待及网站管理等工作；
6.协助协会领导对组织机构的机构设置、职责调整、人事、劳资管理等工作；
7.负责协会财务管理、固定资产管理等工作；
8.承办相关政府购买服务事项；
9.负责协会年检工作相关事务；
10.承办领导交办的其他工作。
会员管理部
1.负责向会员宣传贯彻党和国家的路线、方针、政策,组织会员开展行业自律管理工作，建立健全行业自律公约，规范会员行 为，维护行业整体利益；
2.负责会员管理工作，开展会员发展、档案建立、基本信息的统计与分析、会员数据库维护等工作；
3.负责与会员的沟通联系，收集会员意见建议，向有关部门反映诉求；
4.负责会员服务工作，搭建平台开展会员间的沟通交流；
5.负责专家库专家征集、审核、建立专家档案、专家培训等管理工作；
6.协助综合部做好会员会费的督促收取工作；
7.负责开展工会工作相关事宜；
8.承办领导交办的其他工作。
资格管理部
1.受行业主管部门委托，承担行业建设市场主体及从业（执业、职业）人员资格的具体管理工作；
2.负责行业建设市场主体单位施工管理技术岗位人员考核培训管理工作；
3.受行业主管部门委托，负责水利水电企业安全生产管理三类人员考核培训管理工作；
4.开展行业建设市场主体单位技术工人、农民工职业技能培训、考核、鉴定、评审等鉴定管理工作，协助评定初级、中级、 高级技工；
5.承办相关政府购买服务事项和协会领导交办的其他工作。
信用管理部
1.受行业主管部门委托，负责水利建设市场信用信息平台管理工作，开展水利建设市场主体信用信息采集、发布、共享、应 用、归集、统计和分析工作；
2. 负责组织行业统计、行业调查，配合行业主管部门制止和纠正失信等行为，建立和规范公开、诚实信用的市场良性环境；
3.负责组织开展水利建设市场主体信用等级评价工作；
4.组织开展行业信用体系建设工作的宣传、推广和交流活动。
5. 负责内蒙古自治区外水利从业单位红名单审核报送工作；
6.负责组织行业各类评优活动；
7.负责水利厅委托的市场行为监管、质量工作考核等工作；
8.承办领导交办的其他工作。
教育培训部
1.开展行业培训需求调研，建立培训相关管理制度，研究开发与行业有关的培训业务和工作；
2.整合行业优秀资源，负责搭建各类培训管理平台；
3.组织水利行业从业人员专业知识培训和继续教育工作；
4.负责法律、法规和行业标准、规范等政策文件的宣讲宣贯工作；
5.承担政府委托的继续教育培训和有关机构委托的教育培训工作；
6.继续负责企业协会相关工作；
7.承办领导交办的其他工作。
