内蒙古自治区水利工程协会成立于2006年5月，2023年6月1日经内蒙古自治区民政厅（内民政许准变字[2023]第69号）文件批准名称变更为“内蒙古水利行业协会”，内蒙古水利行业协会是由全区水利工程建设管理、施工、监理、运行管理、维修养护等企事业单位及其他相关组织和个人自愿组成、依法登记成立的全区性、行业性的非营利性社会组织。内蒙古水利行业协会在自治区民政厅注册登记。

    内蒙古水利行业协会的宗旨：团结广大会员遵守宪法、法律、法规，遵守社会道德风尚；贯彻执行国家有关方针政策；促进社会主义物质文明、精神文明和和谐社会建设；服务于政府、服务于社会、服务于会员；维护会员的合法权益；起到联系政府与会员之间的桥梁与纽带作用，发展繁荣水利事业。

    内蒙古水利行业协会理事会常设办事机构为秘书处，负责处理协会日常工作，秘书处内部机构有综合部、资格资质管理部、技术咨询审查部。凡从事水利工程建设与管理的单位和行业工程技术人员，以及热爱、支持、关心水利工程建设的相关单位和个人均可自愿申请成为协会会员。